L'Archivio Storico CNR-ISE è costituito da due tipologie di raccolta. La prima riguarda i documenti relativi ad un arco di anni che va dal 1938 - anno di fondazione dell'Istituto Italiano di Idrobiologia Donna Nero Donna Dks Dks Giacca Donna Giacca Nero Giacca Nero Dks Giacca Giacca Dks Nero Dks Nero Donna Giacca Nero Dks Donna Donna Dott. Marco De Marchi (con qualche documento di fine '800), al 2001, anno in cui nacque l'Istituto per lo Studio degli Ecosistemi, uno degli istituti afferenti al Consiglio Nazionale delle Ricerche. 

La seconda serie di raccolte presenti in Istituto è l'Archivio Fotografico dove sono radunate alcune collezioni fotografiche, lastre in vetro, pellicole e diapositive, che stanno a documentare l'attività scientifica svolte da alcuni ricercatori nel corso degli anni dalla fine '800 ai giorni nostri.

Mentre continua l'attività di riordino e inventariazione dell'Archivio stesso nella sua interezza, è stato però possibile pubblicare online una prima parte del patrimonio - quello più vecchio - risalente agli anni in cui l'ente mosse i primi passi all'interno dell'universo scientifico della limnologia e idrobiologia. Il periodo considerato è compreso tra il 1938 ed il 1977, anno quest'ultimo in cui l'Istituto Italiano di Idrobiologia entrò a far parte del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR). Questa prima raccolta comprende un patrimonio di circa 1500 elementi inventariati, dalla cui lettura emerge la storia dell'istituto.
Oltre alle due serie - documentale e fotografica – è presente una terza sezione audio/video, contenente vecchi filmati e registrazioni audio

Tutte le fasi di questa attività si sono svolte con la supervisione della Soprintendenza Archivistica per il Piemonte e la Valle d'Aosta - Direzione Regionale per i Beni Culturali e Paesaggistici del Piemonte, che nel marzo 2014 rilasciava la certificazione di regolare esecuzione del progetto di inventariazione

L'inventariazione dell'Archivio Storico, realizzata attraverso l'utilizzo del programma di archiviazione xdams, nella versione Open Source di Regesta, ha avuto inizio nel dicembre 2012.

Lo svolgimento di queste attività è stata possibile, oltre che dalla attività del personale del CNR ISE, anche grazie ai contributi della Fondazione Comunitaria del VCO (2011), della Fondazione CRT (anni 2012-2017) e della Regione Piemonte (2017).

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